Né en 1933, après une enfance en Algérie et au Maroc (1935-1952), André Gounelle fait des études en philosophie et en théologie (1952-1957). Il est ensuite pasteur de l’Église Réformée en Algérie pendant la guerre d’indépendance, puis à Dijon, ensuite à Nimes.
À partir de 1970 jusqu’à sa retraite en 1998, il est professeur à la Faculté de Théologie Protestante de Montpellier dont il est Doyen pendant 6 ans. Il siège au Conseil National de l’Église Réformée de France pendant douze ans. Il est membre et ancien président de l’Académie des Sciences et Lettres de Montpellier, membre et ancien président de l’Association Libérale Évangile et Liberté. Docteur d’État de l’Université de Strasbourg, docteur honoris causa de l’Université de Lausanne et de l’Université Laval à Québec, il est également chevalier des Palmes Académiques et de la Légion d’honneur.
Il a particulièrement travaillé l’histoire de la théologie protestante et s’est spécialisé dans les théologies nord-américaines de la seconde moitié du vingtième siècle (théologies dites de la mort de Dieu, théologie du Process et, tout particulièrement, la pensée du philosophe et théologien germano-américain Paul Tillich dont il codirige l’édition des œuvres en traduction française). Il a publié une vingtaine de livres et environ 800 articles qui s’inscrivent dans la ligne théologique du protestantisme libéral.